Le recyclage naturel de la matière organique
Dans la nature, les végétaux et les animaux produisent des déchets. Les décomposeurs sont constitués par la microflore et la faune du sol. Cet ensemble vivant consomme continuellement la matière organique et minérale du milieu, elle représente environ 5% de la matière organique du sol.
La microflore
Les bactéries hétérotrophes jouent un rôle considérable dans la décomposition de la matière organique qui leur fournit l'énergie nécessaire au métabolisme. Les bactéries autotrophes oxydent ou réduisent certains composés minéraux, elles fixent en particulier l’azote, réduisent les nitrates en azote, et oxydent certains composés carbonés.
Les actinomycètes
Les actinomycètes se développent dans la matière, en réseau filaments mycéliens blancs nommés hyphes. Ce sont des bactéries en forme de longs filaments très fins 0,5 µm, rayonnant autour de la spore d'origine. Ils relayent les bactéries dans la décomposition de la matière organique. Les actinomycètes peuvent décomposer la lignine du bois et former des acides humiques.
Les champignons
Les champignons hétérotrophes, qui se nourrissent de constituants organiques, appartiennent aux groupes ascomycètes et basidiomycètes. Ils se développent dans le sol et agissent dans les premières phases de la décomposition des litières (mésophile et thermophile). Ensuite, les bactéries continuent la décomposition.
La faune
La microfaune, organismes inférieurs à 0,2 mm
Les nématodes et les protozoaires sont les prédateurs des bactéries.
Les nématodes sont des vers ronds, les protozoaires ciliés sont des organismes unicellulaires et vivent exclusivement dans un milieu humide. Les nématodes et les protozoaires se nourrissent de bactéries et d'actinomycètes, ils sont ensuite mangés par les vers.
Les rotifères sont des organismes microscopiques multicellulaires. Ils vivent en milieu humide dans les lixiviats du compost et l'eau des matières en décomposition.
La mésofaune, entre 0,2 et 2 mm
Les arthropodes du sol désignent les acariens, les tardigrades et collemboles.
Les oribates sont un groupe d'acariens consomment et fragmentent les débris végétaux en petits éléments.
Les tardigrades vivent en milieu humide et se nourrissent de petits animalcules.
De la classe des entognathes, les collemboles se nourrissent de microorganismes, telles les bactéries. Ils contribuent à la croissance des champignons et régulent la microflore du milieu. Comme les acariens, ils participent à la fragmentation de la matière organique.
La macrofaune, animaux entre 2 et 100 mm
Ces organismes invertébrés de grande taille comme les vers de terre et les larves d’insectes jouent un rôle essentiel dans recyclage de la matière et globalement dans le fonctionnement des sols. Ils décomposent la matière organique et l’incorporent au sol. Les vers de terre creusent des galeries et améliorent porosité du sol.
Pendant le transit digestif, les lombrics forment des agrégats argilo-humiques dont ils tapissent les parois de leurs galeries. Ils remontent les argiles de la profondeur du sol. Ce transfert est visible par la présence des déjections à côté de l’orifice des galeries : les turricules.
Pour résumer, en décomposant la matière organique les vers de terre participent à l’infiltration et au stockage de l’eau dans les sols, au mélange des horizons du sol, au recyclage des nutriments et au stockage du carbone. Ils participent à la diversité et à l’activité microbienne, par conséquent ils protègent les plantes contre les maladies.